食事で摂取したタンパク質はそのままでは腸から体内に吸収することは出来ません。
なぜならタンパク質は腸から吸収されるには分子量が大きすぎるからです。そのためタンパク質はアミノ酸やペプチドまで分解されることによって体内に取り込まれます。

アミノ酸

アミノ酸は分子内にアミノ基（-NH2）とカルボキシル基（-COOH）をもつ化合物の総称で、人体の中の多くの機能に関係しています。タンパク質を構成しているアミノ酸は全てL体（α–アミノ酸にはL体、D体という光学異性体がある）であるため、アミノ酸を表記するときにL-を省略することもあります。

自然界には500種類ほどのアミノ酸が存在し、このうち私たちが必要とする栄養素であるタンパク質を構成しているのは20種類です。20種類のアミノ酸のうち、9種類のアミノ酸は体内で合成することができないため、これらを必須アミノ酸と呼び、食物から摂取する必要があります。

ペプチド

2～50程度のアミノ酸がペプチド結合したものを指し、2つのアミノ酸がペプチド結合で結合したペプチドをジペプチド、3つはトリペプチド、4つはテトラペプチドと呼ばれます。また、2から20程度のアミノ酸が結合したペプチドをオリゴペプチド、もっと多くのアミノ酸が結合した物質をポリペプチドと呼ぶことがあります。ポリとは「大きな、たくさんの」という意味であり、ポリペプチドとは「大きなペプチド」という意味です。

タンパク質の消化

・タンパク質は胃で胃酸（塩酸）、ペプシンによって変性、分解されます。
・小腸（十二指腸）で分泌される膵液中の酵素（トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、カルボキシペプチダーゼ）によってさらに分子量の小さなペプチドにまで分解されます。
・小腸の粘膜上皮に存在するペプチダーゼによってアミノ酸に分解され、すぐに吸収されます。

タンパク質が消化、吸収される過程では胃液が重要な働きをしています。胃液は強い酸性なのでタンパク質の立体構造を変化させます。このことにより、タンパク質分解酵素であるプロテアーゼが影響を与えやすくなります。

また同じく胃液に含まれるペプシンによってポリペプチドという物質に分解されます。その後十二指腸で膵液に含まれる多様な酵素（キモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カルボキシペプチターゼなど）、腸液内のジペプチダーゼ、アミノペプチダーゼといった酵素によってオリゴペプチドと呼ばれる物質に変化して、さらに分子量が小さくなります。その後、アミノ酸やジペプチドまで分解されて吸収されます。アミノ酸は血管に入ってから門脈を経由して肝臓や全身に行き渡ります。